大家好，今天小编关注到一个比较有意思的话题，就是关于在线引物设计网站的问题，于是小编就整理了4个相关介绍在线引物设计网站的解答，让我们一起看看吧。
primer怎么看引物有没有发卡结构？
的方法如下：
打开Primer Premier
5.0在线网页进行设计引物。
输入序列（目的基因的CDS的核酸序列）。
进行产物长度、引物大小等的设定。
点击pick primers后得到结果。
利用DNAMAN检测引物是否存在发卡结构。打开DNAMAN软件，点击primer-Load primer-From Input，输入Forward引物；点击Primer-Two Primer Complementarity-Second primer From Input，即可查看引物能否形成发卡结构。检测结果（一般选择少于四个发卡结构的引物）。
满足条件的即可确定为比较好的qPCR引物，发送至公司邮箱合成即可。
引物设计中sense primer和anti-sense primer是什么意思？
sense primer 正义链引物，可当作上游引物anti-sense primer 反义链引物，可当作下游引物这个一般是在rna干扰中用的primer的说法，这2条引物大部分是互补的。
设计引物时,扩增产物的长度是如何知道？
建议先看一下针对你的研究所设计引物的一些具体文章，不同的引物有不同的设计方法，引物设计好以后，要经过验证的，同一类引物只可能在同一类模板材料中才能扩增，而在另一种材料种可能没有扩增，由于不同材料DNA序列间的indel等突变，扩增产物的长度是通过设计引物后的验证实验得出，一般只做参考，具体长度要靠具体的实验结果而定。
pcr引物序列如何确定？
1. 引物应在序列的保守区域设计并具有特异性。引物序列应位于基因组DNA的高度保守区，且与非扩增区无同源序列。这样可以减少引物与基因组的非特异结合，提高反应的特异性;
2. 引物的长度一般为15-30 bp。常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应;
3. 引物不应形成二级结构。引物二聚体及发夹结构的能值过高(超过4.5kcal/mol)易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行;
4. 引物序列的GC含量一般为40-60%。过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大;
5. 引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件佳。Tm值的计算有多种方法，如按公式Tm=4(G+C)+2(A+T);
6. 引物5'端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。可根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。
7. 引物3’端不可修饰。引物3'端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3'端使用碱基A。
8. 引物序列自身或者引物之间不能在出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加;
9. G值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3'端G值较低(绝对值不超过9)，而5’端和中间G值相对较高的引物。引物的3’端的G值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应;
到此，以上就是小编对于在线引物设计网站的问题就介绍到这了，希望介绍关于在线引物设计网站的4点解答对大家有用。
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